Certaines familles puissantes possèdent des pouvoirs issus des éléments
leur permettant de lutter contre les démons. Cette magie détenue par
des humains est le résultat d'un contrat les liant aux seigneurs des
esprits. La famille du jeune Kazuma Kannagi est depuis 300 ans spécialisée dans la maitrise du feu (technique d'En-jutsu). Toutefois, ce dernier n'ayant aucun talent dans ce domaine, il est battu, sans effort, par sa cousine Ayano Kannagi lors de la cérémonie de succession. La jeune Ayano se voit remettre l'épée sacrée du feu "Enraiha" tandis que Kazuma s'exile, renié par son père pour son incapacité à user de l'En-jutsu.
L'histoire débute 4 ans après cet évènement. C'est le retour de Kazuma
! Durant ce laps de temps, il s'est initié à l'art du vent (technique
de Fu-jutsu). Sa maitrise est telle qu'il est devenu un contractor (et de ce fait un Kaze no Stigma). L'esprit du vent lui ayant confié le contrôle de l'air.
Suite à son retour, des morts mystérieuses surviennent parmi les
membres du clan Kannagi. L'intrigue commence donc à se nouer. Une
atmosphère de vengeance et de pouvoir se dévoile. Est-ce celle de
Kazuma ? Ou bien, la réminiscence de haines issues du passé ? Ayano
acquerra-t-elle le pouvoir suffisant pour devenir digne héritière du
clan Kannagi ? Et quelle est cette mystérieuse détective enquêtant sur
les phénomènes liés aux jutsu ?